貨物稅未依期限申報，就算實際上沒有應納稅額，最重還是有可能會被罰以新台幣9,000元怠報金；如果有應納稅額，除了最高可能被罰以90,000元怠報金之外，還可能被要求停止貨物出廠，直到稅款繳清為止。

依據《貨物稅條例》，目前仍有數款指定的橡膠輪胎、水泥及代水泥、飲料類、平板玻璃、汽柴油等油氣類產品、電器類以及車輛類產品，除了條例中另有但書之外，目前還是由產製廠商按月繳納其貨品的貨物稅。

財政部表示，貨物稅的產製廠商要在每月15日前，自行向公庫報繳前月出廠貨物的應納稅款，若未依限辦理申報或不申報，就算實際上沒有應納稅額，仍會有相關罰則。

如果產製廠商在收到通知的三日內補辦補繳，則按其應納稅額再加徵10%滯報金，這筆滯報金最少不得少於新台幣3,000元，最高則是新台幣30,000元．就算沒有應納稅額，還是會被罰以最小額度滯報金3,000元。