最低稅負制規定，公司在計算基本所得額時，證券交易所得、國際金融業務分行所得都可扣除前五年損失，不過在計算時有眉角，國稅局提醒三大注意事項，包括減除項目必須與所得相同，且須逐年依序扣除，另也須注意扣除金額遞延規定。

北區國稅局表示，損失扣除的先後順序及遞延必須合乎規定，有三大提醒。首先，所得項目須減除相同損失項目，例如證券交易所得，只能用證券交易損失來扣除，不能「撈過界」，用國際金融業務分行損失來抵扣。

其次，損失應逐年依序扣除，不能自行選擇扣除年度；最後，損失扣除金額以當年度所得金額為限，扣除後若還有餘額，才能遞延到以後年度扣除，不能想減多少、就減多少。

國稅局舉例，甲公司為投資公司，申報2017年營所稅課稅所得額為0，不過當年度有出售持有滿三年的長期持有股票所得9,000萬元，依規定必須納入基本所得額，甲公司並提出2014年出售證券交易損失1,600萬元，以此減除當年度所得後為7,400萬元，加上出售的是長期持有股票，可減半計稅，因此最後申報基本所得額3,700萬元。

不過國稅局查核此案時發現，甲公司2015年申報案件中，其中有出售長期持有股票所得1,636萬元，依據損失逐年扣除原則，2014年的1,600萬證券交易損失，應在2015年就全數減除完畢，不能留到2017年才減除，因此國稅局認定甲公司2017年無減除項目，應以9,000萬元的半數計入基本所得額，也就是4,500萬元，最後補徵稅額近百萬元。

國稅局提醒，營利事業在計算基本所得額時，應依法令規定正確計算，並符合逐年依序扣除等原則，以免因申報錯誤而遭補稅。